Ce Livre Deuxième, en même temps que la chronique des expéditions de la première décennie du XVIe siècle aux Indes, et des débuts de l'administration espagnole dans les îles, présente une constante réflexion sur les problèmes philosophiques, religieux, et tout simplement humains, engendrés par la conquête de ce monde nouvellement découvert. Y est dénoncé, en particulier, le système de répartition des Indiens entre les conquérants, qui est, comme on le sait, l'une des causes principales de la rapide extermination des hommes qui peuplaient les îles avant l'arrivée des Espagnols.